Dat hangt af van het type ontharder. CO₂- of magnetische waterontharders leveren meestal drinkbaar water en vormen doorgaans geen probleem voor Berkey systemen (controleer dit wel bij de fabrikant). De meest gebruikte ontharders werken met zout (ionenuitwisseling), waarbij calcium en magnesium worden vervangen door natrium. Dit maakt het water zachter, maar ook zouter.

Black Berkey elementen verminderen veel verontreinigingen, maar ze verwijderen echter niet de mineralen die van nature in water voorkomen en behouden deze in zekere mate. Daardoor komt het in het drinkwater terecht, wat minder wenselijk kan zijn. Daarnaast kan zout water de filters sneller doen verstoppen en de doorstroming verminderen. Daarom wordt water uit een zout-gebaseerde waterontharder afgeraden voor Berkey systemen en kan dit bovendien invloed hebben op de garantie.